I. Salon: Köşk Höyük Salonu
Bu salon, Neolitik Çağa ait önemli kazılardan elde edilen Pınarbaşı Höyük, Köşk Höyük, Tepecik Höyüğü ve Kaletepe Obsidiyen Atölyesi'nden çıkan obsidiyen aletlerle dikkat çekmektedir. Ayrıca, Köşk Höyük kazılarından gün yüzüne çıkan eşsiz eserler, mezar buluntuları, tanrı ve tanrıça heykelcikleri ile M.Ö. 4883'e tarihlenen "Köşk Höyük Kalkolitik Ev"inin birebir kurgusu bu salonda sergilenmektedir.
II. Salon: Eski Tunç Çağı ve Asur Ticaret Kolonileri Çağı
Bu salonda, Eski Tunç Çağı'na ait Çamardı İlçesi, Celaller Köyü, Göltepe Höyüğü kazılarından elde edilen madencilere ait buluntulara ve kestel antik kalay maden ocağındaki galeri girişinin kurgusuna odaklanılmıştır. Ayrıca, Acemhöyük kazılarından ve Ulukışla, Darboğaz Kasabası'ndan getirilen eserler ile Asur Ticaret Kolonileri Çağı'nın önemli merkezi olan Acemhöyük'te bulunan saray buluntuları da bu salonun vitrinlerinde yer almaktadır.
III. Salon: Geç Hitit-Frig Salonu
Bu salon, M.Ö. I. Bin yıl civarında Anadolu'da ortaya çıkan Geç Hitit şehir devletlerinden Nahita ve Tuvanuva krallıklarına ait fırtına ve bereket tanrısı stellerini, Hitit hiyeroglifiyle yazılmış kitabeleri, Kaynarca Tümülüsü buluntularını, Frig dönemi seramiklerini ve "Göllüdağ Aslanı"nı içermektedir. Hitit İmparatorluğu'nun yıkılmasının ardından ortaya çıkan dönemin önemli izlerini bu salonda bulmak mümkündür.
IV. Salon: Helenistik, Roma ve Bizans Dönemi Zenginlikleri
Bu salon, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait çeşitli buluntulara ev sahipliği yapmaktadır. Salonun bir bölümünde, Tepebağları, Porsuk Höyük ve Acemhöyük kazılarından elde edilen eserler ile satın alma ve zor alma yoluyla kazandırılan pişmiş toprak ve cam objeler, mühür baskıları, Roma Dönemi Heykelcikleri ve Bizans Dönemi eserleri sergilenmektedir. Diğer bölümde ise, Tyana'da gün yüzüne çıkarılan ve M.S. II. yy. Roma İmparatorluk Dönemine tarihlenen heykelcilik ürünleri ile mezar stelleri ziyaretçilere tarihi bir yolculuk sunmaktadır.
V. Salon: Sikke ve Mumyaların Büyülü Dünyası
Bu salon, sikke koleksiyonu ve mumyaların büyülü dünyasına odaklanmaktadır.
A-Sikke Bölümü: Sikke basım tekniği ve genel tanımlar, iki pano halinde sunulmuş, 6 büyük duvar vitrininde ise Grek, Helenistik, Roma, Bizans ve İslami-Osmanlı dönemi sikkeleri ile Selçuklulara ait gümüş define ve Kapadokya Krallığı'na ait Tepebağları definesi yer almaktadır.
B-Mumya Bölümü: Aksaray Ihlara Vadisi'nde bulunan "Rahibe Mumyası" (X.yy.) ile Çanlı Kilise'den çıkarılan 4 adet bebek mumyası (XIII. yy.) bu bölümde sergilenmektedir.
VI. Salon: Etnoğrafik Eserlerin Hikayesi
"Etnoğrafik Eserler Salonu"nda, bölgenin kaybolmaya yüz tutmuş etnografik kültürü tanıtılmaktadır. Silahlar, el yazmaları, yazı takımları, aydınlatma araçları, halılar, kilimler, âlemler, takılar ve İlhanlı Dönemi'nden kalma eserlerin yanı sıra Kaçar Türklerine ait bir sini de bu salonda teşhir edilmektedir. Ayrıca, salonda özel bir şark köşesi oluşturularak, ziyaretçilere bölgenin zengin kültür mirasını daha yakından deneyimleme fırsatı sunulmaktadır.
