Göl, bataklık kırlangıcı ve mahmuzlu kız kuşu gibi birçok kuş türünün ürediği bir habitat olarak bilinir ve bu özellikleriyle Önemli Kuş Alanı olarak kabul edilir. Büyük Menderes Deltası'ndan gelen tepeli pelikan, yıl boyunca gölde gözlemlenebilir. Ayrıca, Bafa Gölü, kış aylarında birçok su kuşu için önemli bir konaklama alanıdır.
Küçük batağan, bahri, kara boyunlu batağan, karabatak, küçük karabatak, boz ördek, elmabaş patka ve sakarmeke gibi birçok tür, gölde kışladığı bilinen başlıca türler arasındadır. Göl, doğal yaşamın korunması ve kuş türlerinin göç rotalarının sürdürülebilirliği açısından büyük bir öneme sahiptir.